如果希望在Windows?2000和早期操作系統(tǒng)之間建立多重啟動(dòng)，就需要使用FAT或FAT32文件系統(tǒng)。在這種情況下，用戶就應(yīng)該把系統(tǒng)配置成多重啟動(dòng)并在硬盤上用FAT或FAT32分區(qū)做為活動(dòng)分區(qū)。這是因?yàn)樵缙诘牟僮飨到y(tǒng)不能訪問(wèn)NTFS格式的本地硬盤分區(qū)。如果服務(wù)器不需要配置多重啟動(dòng)功能，用戶最好使用NTFS格式的文件系統(tǒng)。
Windows?2000所推薦使用的NTFS文件系統(tǒng)提供了FAT和FAT32文件系統(tǒng)所沒(méi)有的、全面的性能，可靠性和兼容性。NTFS文件系統(tǒng)的設(shè)計(jì)目標(biāo)就是用來(lái)在很大的硬盤上能夠很快地執(zhí)行諸如：讀、寫和搜索這樣的標(biāo)準(zhǔn)文件操作，甚至包括像文件系統(tǒng)恢復(fù)這樣的高級(jí)操作。
NTFS文件系統(tǒng)包括了公司環(huán)境中文件服務(wù)器和高端個(gè)人網(wǎng)站制作所需的安全特性。NTFS文件系統(tǒng)還支持對(duì)于關(guān)鍵數(shù)據(jù)完整性十分重要的數(shù)據(jù)訪問(wèn)控制和私有權(quán)限。除了可以賦予Windows?2000計(jì)算機(jī)中的共享文件夾特定權(quán)限外，NTFS文件和文件夾無(wú)論共享與否都可以賦予權(quán)限。NTFS是Windows?2000?中唯一允許為單個(gè)文件指定權(quán)限的文件系統(tǒng)。然而，當(dāng)用戶從NTFS卷移動(dòng)或復(fù)制文件到FAT卷時(shí)，NTFS文件系統(tǒng)權(quán)限和其它特有屬性將會(huì)丟失。
像FAT文件系統(tǒng)一樣，NTFS文件系統(tǒng)使用簇作為磁盤分配的基本單元。在NTFS文件系統(tǒng)中，默認(rèn)的簇大小取決于卷的大小。在“磁盤管理器”中，用戶可以指定的簇大小最大為4k。
Windows?2000包括一個(gè)新版本的NTFS，該文件系統(tǒng)在原有的靈活的安全特性（比如域和用戶賬戶數(shù)據(jù)庫(kù)）之上又加入了新的特性，如活動(dòng)目錄(Active?Directory)Windows?2000中使用的NTFS文件系統(tǒng)支持以下特性：
??活動(dòng)目錄。使網(wǎng)絡(luò)管理者和網(wǎng)絡(luò)用戶可以方便靈活地查看和控制網(wǎng)絡(luò)資源。
??域。它是活動(dòng)目錄的一部分，幫助網(wǎng)絡(luò)管理者兼顧管理的簡(jiǎn)單性和網(wǎng)絡(luò)的安全性。例如，只有在NTFS文件系統(tǒng)中用戶才能設(shè)置單個(gè)文件的許可權(quán)限而不僅僅是目錄的許可權(quán)限。
??文件加密。能夠大大提高信息的安全性。
??稀松文件。應(yīng)用程序生成的一種特殊文件，它的文件尺寸非常大，但實(shí)際上只需要少部分的磁盤空間。就是說(shuō)，NTFS只需要給這種文件實(shí)際寫入的數(shù)據(jù)分配磁盤存儲(chǔ)空間。
??其他的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)模式。這些模式可以提高存儲(chǔ)和修改信息的效率。
??磁盤活動(dòng)的恢復(fù)日志。它將幫助用戶在電源失效或其他系統(tǒng)故障時(shí)快速恢復(fù)信息。
??磁盤配額。管理者可以管理和控制每個(gè)用戶所能使用的最大磁盤空間。
??對(duì)于大容量驅(qū)動(dòng)器的良好擴(kuò)展性。NTFS中最大驅(qū)動(dòng)器的尺寸遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于FAT格式的，而且，NTFS的性能和存儲(chǔ)效率并不象FAT那樣隨著驅(qū)動(dòng)器尺寸的增大而降低。
NTFS文件系統(tǒng)是使用Windows?2000所推薦的文件系統(tǒng)。NTFS具有FAT文件系統(tǒng)的所有基本功能，并且提供如下的FAT或FAT32文件系統(tǒng)所沒(méi)有的優(yōu)點(diǎn)：
??更為安全的文件。
??更好的磁盤壓縮性能。
??支持最大達(dá)2TB的大硬盤（NTFS可支持的最大磁盤容量比FAT的大得多，而且隨著磁盤容量的增大，NTFS的性能不像FAT那樣隨之降低）。
??雙重啟動(dòng)配置（在同一臺(tái)計(jì)算機(jī)上同時(shí)安裝有Windows?2000和其他操作系統(tǒng)）。
